Kasutaja arutelu:Shausenberg/rRNA transkriptsiooni regulatsioon Escherichia colis
Tänan Sind õigeaegselt esitatud artikli eest. Artikli maht on piisav, aga struktuuri ja sõnastusega tuleb veidi tööd teha. Kõige tähtsamalt, oled valinud endale väga spetsiifilise teema, mida ei ole kerge kohandada vikipeedia artikliks. Meeldetuletuseks kopeerin ka lõigu KKK-st. Peaksid terve artikli kriitiliselt üle vaatama. Juhised on allpool. Edu!
*Mida peaksin tähele panema teema valikul?
Teema võiks olla seotud Sinu lõputöö teemaga. Vikipeedia on aga entsüklopeedia, seega peaks teema esitama üht mõistet, mitte näiteks uurimisprobleemi või väga kitsast nähtust, mille nimetuses on mitu mõistet. Enamasti on entsüklopeedia-artikli märksõnad lühikesed, ühe-kahesõnalised. Seega ei sobi nt “Escherichia coli ribosoomide biosüntees”, aga sobib “Biosüntees”. Vaata veidi Vikipeedias ringi, millise pealkirjaga artikleid on olemas. Vaata, millistel teemadel LOTE väljendusõpetuse tudengid eelmistel aastatel on kirjutanud.
Järgnevaid kommentaare lugedes tuleb silmas pidada, et vikipeediasse kirjutamise eesmärgiks ei ole päris tavaline tekst. Vikipeedia teksti ülesanne on edastada lugejale võimalikult kergelt informatsiooni, mistõttu tasub seal järgida entsüklopeedilist stiili. See tähendab eelkõige kompaktsust nii sisus kui väljenduses. Väldi keerulisi lauseehitusi, mis kuhjavad lugeja ette mõtteid, kui sama sisu võib edastada ehk ka ühe mõttega (komade arv on hea määr, mida jälgida). Ära toeta lauseid liigselt varasemale tekstile – enamasti saab lauseid moodustada nii, et nad on mõistetavad ka väljaspool konteksti. Samuti väldi nö. Cliffhanger’eid, kus tähtsaim sisu selgub alles lause või lõigu lõpuks. Entsüklopeediline tekst ei ole jutustus lõkke ümber ega detektiiviromaan. Püüa väljendada kompaktselt ja võimalikult lihtsalt.
Kompaktsus nõuab ka väljenduslikku täpsust. Ei ole mõtet jutuga keerutada ega väljendada umbmääraselt. Ähmaste või mitmetähenduslike sõnade kasutamine tekitab üldiselt probleeme lugejale, kes võib jutust valesti aru saada või on sunnitud lisaallikatega konsulteerima. Väldi hinnanguid (meie, kahjuks, tegelikult jne) ja esitle ainult allikates esinevaid väiteid ja fakte.
Vikipeedia puhul tuleb ka tähele panna lugejate laia kogukonda. Teksti peamine eesmärk on harida lugejat, kes teemast väga palju ei tea. Kui on võimalik kasutada omajuurelisi sõnu, siis tee seda, kuna need teevad teksti uuele huvilisele läbipaistvamaks. Väga suur roll on ka artikli ja artikliosade struktuuril, mis võivad muuta seoseid palju selgemaks või ajada ka juba lausetest leitud ivad segamini. Kirjutades mõtle, kuidas Sa edastaksid antud informatsiooni võõrale inimesele ning püüa ennast panna lugeja rolli.
Lugejale ligipääsetava teksti koostamine ei ole kerge, aga muutub lihtsamaks kogemuste ja teadlikkuse kasvamisel. Järgnevad kommentaarid on koostatud eelkõige eesmärgiga pakkuda võimalust nende küsimuste üle mõtelda ja enda teksti peal näha, kuidas see toimib. Kriitikale võib vastata ka küsimuse või vastusega ja lõplik artikkel on Sinu kirjutada, aga kursuse lõpuks on oluline täiendada vikipeediat ka kvaliteetse artikliga.
Eriti vastutusrikas ülesanne on tõlketeksti loojal. Selle jaoks, et tõlkimisel oleks mõte, peab tõlketekst olema üheaegselt nii lihtne kui ka täpne. Enamasti ei klapi aga eesti keele ja originaalkeele (nt inglise keele) sõnade tähendusvarjundid ja lauseehitus, mistõttu tuleb peaaegu iga lause tervenisti ümber teha ja mõte tervikut silmas pidades uuesti sõnastada. Kõige halvem lahendus on võõrad sõnad lihtsalt „eestlaslikuks“ teha ja asetada samale kohale, mistõttu peab lugeja tihti hakkama teksti mõttes üle tõlkima ning originaali lugemine võib osutuda lihtsamakski. Mitmes keeles opereerides on aga kerge sattuda kogemata „laisale“ tõlkele, kuna tõlkimise ajal võib tunduda üsna mõistlik, et lugeja peaks aru saama nagu tõlkija hetkel mõtleb (sellest väärarvamusest saab lahti kogemustega). Tõlketekst tuleb pärast valmimist ning lühikest pausi kindlasti uuesti üle lugeda, kusjuures ei tohiks olla üllatav, kui parandusi tuleb teha igas lauses.
Artikli teema on väga spetsiifiline. Kui Sa soovid jätkuvalt sellisel teemal vikipeedia artiklit kirjutada, tuleb nähtus selgelt paigutada konteksti ja seletada laiali just selle nähtuse sisu. Teema liigne spetsiifilisus võib seejuures raskendada ülesannet. Hindan väga täpset ja üksikasjalikku teadmiste koondamist ja edastamist, aga antud juhul tuleb teavet üldisemaga põhjalikult täiendada.
Pea meeles ka, et teksti lugeja ei ole geenitehnoloog ega tõenäoliselt isegi bioloog, ei saa nimetada 23S, 16S ja 5S ja neid mitte lahti seletada.
Artikkel on pühendatud ühele operatsioonile või isegi ühe operatsiooni regulatsioonile ühes kindlas liigis. Kindlasti tuleb juba sissejuhatuses lahti kirjutada soolekepikese tolle operatsiooni suhe operatsiooniga teistes elusorganismides ning määratleda ka tema unikaalsus. Miks just on E. coli omale pühendatud terve artikkel (kui artikkel puudub nt rRNA transkriptsiooni regulatsiooni kohta ja isegi rRNA kohta on kirjas üks lause). Ka Ivo Linnast artikli kirjutamisel peab juhtlõik ära põhjendama, miks väärib Ivo Linna artiklit.
E. coli seda enam, nt on ilmselt asi selles, et E. coli on seni üks uuritumaid?
Juhtlõik tuleb ümber kirjutada ja annan täpsemat nõu kui see on tehtud.
Seniks ka selle üksikasjade kohta:
„Ribosomaalne RNA“ – oled as kindel? Kuidas kasutustavad on? Kui see on Su enda teema, siis ilmselt tead või saad juhendajalt küsida? Kuidas õpikutes on? Vikipeedia artikleid hakatakse tihti kasutama tõlkemallina tulevikus.
Minule tunduks loomulik „ribosoomiline RNA“, sõnastikust leidsin „ribosoom RNA“ või „ribosoom-RNA“
http://www.biokeemiaselts.ee/?mid=9&lang=et
http://www.e-ope.ee/_download/euni_repository/file/463/Oskuss%C3%B5nastik.pdf
Ootan arutelus tehtud otsuse kohta viidet.
Artikli juhtlõik algab objekti määratlusega. Juhendist: „Määratlus algab artikli pealkirjaks oleva märksõnaga, mis on rasvases kirjas ja võimalusel ainsuse nimetavas käändes“. Antud juhul pole põhjendatud „X-ks nimetatakse“ vorm, kasuta „X on“ kui vähegi võimalik. Nii spetsiifilise artikli puhul võib esimene lause olla üsna keeruliselt sõnastatav. Erandkorras võid kõigepealt ehk määratleda ainult rRNA transkriptsiooni regulatsiooni, aga ülesanne on keeruline.
Veel nõuandeid:
Ehkki termineid tuleb muidugi kasutada täpselt, tuleb proovida neid järjestada nii, et nende tähendus tundub enamvähem läbipaistev ka lugejale, kes pole terminit varem kuulnud. Hea mall on näiteks „ahela pikenemine ehk elongatsioon“. Viitamine termini enda artiklitele (nagu nt „operon“ puhul) on hea algus.
Terminid, mille asukohta võiks tähele panna:
operon,
polümeraas
terminatsioon (loetelu teha niimoodi, et selle liikmed on sarnase malli järgi).
initsiatsioon = algatamine? alustamine?
matriitsahelalt
Pane kirja termini sünonüümid esimese väljenduse juures, mitte hiljem (Soolekepike ja E. coli – võõrsõna kaldkirjas esitamine on väga kohane!). Soovitatav on välja valida üks sünonüümidest ja kasutada seda läbivalt.
Sõnakorduse vältimine on küll väärt ettevõtmine, aga antud tekstis tuleb sisu esitada võimalikult kompaktselt. st seda.
rRNA transkriptsiooni regulatsioon on keeruline protsess, mis sõltub paljudest teguritest.
Sellel lausel puudub sisu.
rRNA transkriptsioon erineb paljude teiste geenide transkriptsioonist rrn operonide organisatsiooni tõttu. – Samuti ei sisalda palju informatsiooni.
Ma pole kindel ka terminite organisatsioon – organization vastavuses bioloogias. Terminoloogia on loomulikult valdkonna kujundada, aga nt ÕSi järgi (http://www.eki.ee/dict/qs/):
organisatsi.oon <[javascript:tyyp('20') 20]:-ooni, -.ooni> partei, ühing, selts vms ▪. Alg+organisatsioon, ametiühingu+organisatsioon, majandus+organisatsioon, noorsoo+organisatsioon, õpilas+organisatsioon
''''organiseeritus <[javascript:tyyp('12') 12]:-e> korraldatus, korrastatus
Ehk julgen pakkuda, et antud juhul on tegemist organiseeritusega? Üks võimalus oleks ka sõna vältida, kuna teksti järgi on „organisatsioon“ „struktuur“ + „paiknemine“?
Ka sisu osas on pealkirjastamine ebaühtlane. Pealkirjaks on „rrn operonide organisatsiooni mõju transkriptsioonile“, aga alapealkirjad räägivad asukohast ja struktuurist, ehk mitte mõjust, vaid veel organisatsioonist kui mõju põhjustest. Tuleb ühtlustada.
Sisu osas tuleb samuti harimata lugejale mõistete roll protsessis konteksti põhjal võimalikult selgeks teha. Näiteks tuleb täiendada „Mbp“, mis see on, viide on aluspaarile, kui see on nüüd miljonit aluspaari, tasuks see lahti kirjutada (Mbp võib sulgudes täiendina olla).
Seega peavad need operonid võistlema ülejäänud 99% genoomiga RNAP pärast, et transkriptsioon toimuda saaks.
Tundub, et lause sisaldab üsna olulist informatsioon, aga selle sisu jääb veidi arusaamatuks. Milles seisneb võitlus? On see organismi siseselt või evolutsiooniline ellujäämise küsimus?
rRNA transkriptsiooni lihtsustab asjaolu, et rrn operonide transkriptsiooni ja kromosoomi replikatsiooni suunad ühtivad. [3] Seega on tõenäosus, et transkriptsiooni ja replikatsiooni masinavärk põrkuksid, väiksem. [4] DNA polümeraasi ja RNAP põrkumine võib kaasa tuua DNA kahjustusi ja kromosoomide ebastabiilsust
Tasub jälgida terminite järjepidevust. Sisuliselt: Kas „rRNA transkriptsiooni lihtsustamine“ on sama kui „ DNA kahjustusi ja kromosoomide ebastabiilsust.“, ehk kas protsessi usaldusväärsus = protsessi lihtsustumine – kui ma lõigust enamjaolt aru sain.
Lihtsustab millega võrreldes (erinevalt millest on rRNA transkriptsioon ja replikatsioon samasuunalised)
Joonised on vä kauinid ning nende lisamine wikiandmebaasi on kahtleata tänuväärne (nad on isegi eestikeelsed!)
Mida tähendab „positiivne“ regulatsioon ja mida „negatiivne“ regulatsioon.
Vaata terve tekst antud nõuandeid silmas pidades üle (s.o. siis läbipaistvus harimata lugejale, struktuuri loogilisus ja järjepidevus ning sisu vastamine teemale) ja tee korda nii kui oskad. Sa oled valinud endale väga keerulise teema, aga lugeja üksikasjalik harimine on kahtlemata väärt ettevõtmine. Edu! Jätkan kui Sust uuesti kuulen!
PeeterT (arutelu) 14. oktoober 2013, kell 15:53 (EEST)
Tere!
Kirjutasin uue juhtlõigu. Antud teema valisin sellepärast, et see seostus minu bakalaureusetööga ning ma tahtsin sellest rohkem teada saada. Ribosomaalse RNA artiklit ei saanud ma aga kirjutada, sest keegi bioloogidest oli selle teema juba valinud. Vastav artikkel on praeguseks juba Vikipeedias olemas. https://et.wikipedia.org/wiki/RRNA Ok.
Nagu ka sellest artiklist näha on, siis kasutatakse tõesti väljendit „ribosomaalne RNA“ – seda terminit kasutavad meie erialade inimesed laialdaselt, kuigi mõnikord öeldakse ka „ribosoomi RNA“ (nagu ühes Teie leitud viites kirjas oli). Kuna aga inglise keeles on tegu terminiga „ribosomal RNA“, mitte „RNA of ribosome(s)“, siis tundub antud väljend olevat isegi orgaanilisemalt tuletatud. Ok, ei ole minu koht kujundada Teie terminoloogiat. „-aalne“ on aga liide, mis on mitmes sõnas algul võetud ja pärast asendatud (ehk mugavuse huvides, aga raske öelda) „-line“-ga. Nt constitutional – konstitusionaalne, konstitutsiooniline.
rRNA olemust ma lähemalt ei käsitlenud, sest selle kohta kirjutati eraldi artikkel, ning samuti olid 16S, 23S ja 5S ning „S“ tähendus kirjeldatud artiklis Ribosoom, millele ma ka siselingiga viidanud olin. Vikipeedia artikli kirjutamise õpetamise loengus manitseti meid jääma rangelt oma teema piiridesse. Ka positiivset ja negatiivset regulatsiooni on käsitletud artiklis Operon, alaosas Regulatsioon. Minu arvates tuleb ka minu artiklis nende alapealkirjade alla kuuluvast tekstist nende tähendus välja. Positiivsed regulaatorid soodustavad transkriptsiooni toimumist, negatiivsed regulaatorid takistavad seda. Üritasin seda ka juhtlõigus seletada.
Parandasin ka ülejäänud teksti Teie märkusi arvesse võttes. Loodetavasti ei jäänud midagi kahe silma vahele ning sain Teie nõuannetest õigesti aru.
Head lugemist!
Shausenberg (arutelu) 15. oktoober 2013, kell 00:09 (EEST)
Tänan vastamast!
rRNA olemust ma lähemalt ei käsitlenud, sest selle kohta kirjutati eraldi artikkel, ning samuti olid 16S, 23S ja 5S ning „S“ tähendus kirjeldatud artiklis Ribosoom, millele ma ka siselingiga viidanud olin. – Ok, oli viidatud. Lehelt leidsin, et tegemist on svedbergi ühikuga. Ei ole aga ilmselge, et seda informatsiooni võiks leida just rRNA lehelt (Samuti võiks sellele viidata tihedamalt, nt kindlasti seal kus Sa arvad, et S tähenduse otsimiseks võiks vaadata rRNA lehele. Üldiselt piisab esimese korra linkimisest, aga mõnikord on lugemiseks kasulik teha seda mitu korda (nt nagu ’operoniga’ juba on). Lingid hoiavad ruumi kokku, aga on ikkagi mõeldud lugemise hõlbustamiseks.). Võiks viidata ka S tähe juures Svedbergi ühikule? rRNA artikkel linkis üldse https://et.wikipedia.org/w/index.php?title=23S_ribosomaalne_RNA&action=edit&redlink=1 lehele, 23S rRNA oleks võib-olla hea nimi.
Lisaks võiks üldiselt natuke rohkem olla (nt alates algusest geneetika, molekulaarbioloogia, biokeemia, 16S rRNA, 23S rRNA, 5S rRNA, promootor, stress).
Lingid "transkriptsioon" ja "ekspressioon" lähevad valesse kohta.
Sisu kohta.
Antud artikkel kirjeldab seda protsessi soolekepikese (Escherichia coli, E. coli) näitel, sest see on üks geneetika, molekulaarbioloogia ja biokeemia uurituimatest mudelorganismidest.
Sa ei räägi ju protsessist E. coli näitel, vaid ikkagi ainult E. colist mudelorganismina.
Põhjendamise juures pole ka tarvis kasutada sõna „sest“ vms. Piisab fakti esiletoomisest.
Selle protsessi käigus toimub transkriptsiooni alustamine ehk initsiatsioon, RNA ahela pikenemine ehk elongatsioon ning RNA ahela lõpetamine ehk terminatsioon. rRNA transkriptsiooni regulatsioon toimub põhiliselt initsiatsiooni etapis. Erinevad tegurid võivad soodustada RNAP seostumist promootorile (positiivne regulatsioon) või seda takistada (negatiivne regulatsioon).
See on tõesti hea lause. Aga lisa ka mõistetele ristviited vikipeediasse, isegi kui neid artikleid veel praegu ei ole olemas.
Ma natuke norin veel lõpu kallal:
rRNA transkriptsiooni regulatsioon on lähedalt seotud rakkude kasvukiirusega ja seega ka neid ümbritsevate keskkonnatingimustega. Kui keskkonnas on piisavalt vajalikke toitaineid, paljunevad rakud kiiresti ning ka rRNAd toodetakse kiiresti, sest rakkudel on vaja palju ribosoome, et toota piisavas koguses rakkude jagunemiseks vajalikke valke.
Sisuliselt üpris selge, aga stiili nimel võid katsetada. 1) „on lähedalt seotud“ on üsna umbmäärane 2) sellele järgnev lause, aga pakub otse põhjusliku seose „sest“ (ma ei saa aru küll, kas see on evolutsiooniline või mõni muu põhjendus, aga on arusaadav). Need kaks juppi saab omavahel kokku panna ja saad ühe väheinformatiivse ja teise väga pika lause asemele 2-3 lühemat ja konkreetsemat. Proovi.
siis satuvad rakud stressi – kui stress on bioloogiline termin, kuhu saab sattuda siis küll. Arvan, et saab paremini sõnastada.
promootorid. Seda järeldatakse – väga hea!
märklaud – sihtmärk
mis tähendab olla regulatsiooni märklauaks? – see tähendab, et transkriptsiooni juhtimine käib just selle kaudu? Äkki annab neutraalsemalt ümber sõnastada.
Avatud kompleksi moodustumise – RNAP av k m
kontrollides seega transkriptsiooni aktiivsust P1 promootorilt.
Keeletoimetusest pean soovitama: „kontrollida – pigem „juhtida“ (Keelenõuandes pean tuginema ÕSile, (sobiv on Kontrollib dokumente. Kontrollis töö üle. Kontrollib, kas kõik on õige. Ei sobi „Kontrollib olukorda.“)“
http://www.eki.ee/dict/qs/index.cgi?Q=kontrollima&F=M http://www.eki.ee/dict/qs/index.cgi?Q=kontrolli&F=M
antud lauses on see vähemasti mitmetähenduslik. mulle jääb mulje, et P1 prom. jagab kuidagi informatsiooni transkriptsiooni aktiivsuse kohta
positiivne mõju – on ebamäärane. Tekib küsimus, kelle jaoks positiivne mõju. Parem oleks soodustab (vs pärsib), toestab, tõhustab, aitab (jne) mida teha.
Aga muidu hakkab looma, tänud parandamast!
PeeterT (arutelu) 18. oktoober 2013, kell 17:03 (EEST)
Tere!
Viisin parandused sisse ja üritasin keerulisi kohti siluda. Aga jäi kaks probleemi, millega ma ei osanud midagi ette võtta:
stress - ÕS ütleb väga hästi: Stress on organismi pingeseisund kaitsereaktsioonina negatiivsete mõjurite vastu. Ent Vikipeedias olev artikkel Stress räägib sellest vaid inimese näitel ja selle linkimine võiks natuke segadust tekitada. Mida Teie arvate, kas linkida või mitte?
Promootor - Artikkel Promootor räägib keemilisest terminist, kuid see termin tähendab geneetikas midagi hoopis muud. Selle artikli arutelulehel on ka sellealane mõttevahetus. Kuid mina ei oska täpsustuslehekülge teha. Mida ma siis tegema peaksin? (See oli ka põhjus, miks ma promootorit kohe artiklit kirjutades ei linkinud.)
Artikli parandamise alguses unustasin end kogemata Vikipeediasse sisse logida, kui seda märkasin, olin paljud muudatused juba salvestanud. Loodetavasti ei tekita see probleeme, logisin kohe sisse, kui seda märkasin.
Shausenberg (arutelu) 18. oktoober 2013, kell 18:42 (EEST)
Väga põhjalik töö viidete otsimisega tunnustan! Kasutajanime mittekasutamisest ei ole probleemi. Usun, et tegid Sina.
Küsimustest: Stressi kohta, näen muret, ja väga õigustatud küsimus. Viita "Stress (bioloogias)" ja võid ehk arutelulehele sinna ka kirjutada (või üldse üherealise definitsiooni juba kirja panna), loodetavasti kunagi hea vikipeediahaldjas viib need sõnad ka täpsustuslehele kokku.
Promootor. Jälle väga hea küsimus. Samamoodi, viita artiklile "Promootor (geneetikas)", selliseid asju on väga oluline tähele panna.
Üksikud tähelepanekud:
Mul jäi varem kahe silma vahele definitsioonis (kuna tegelikult see on ka mõistetav), et regulatsioon on tõlgitud kontrollimiseks.
Pean esitama sama jutu, mis hiljemgi: „kontrollida" – pigem „juhtida“ (Keelenõuandes pean tuginema ÕSile, (sobiv on Kontrollib dokumente. Kontrollis töö üle. Kontrollib, kas kõik on õige. Ei sobi „Kontrollib olukorda.“)“ Ma pole päris kindel, mis oleks hea asendusvaste, aga antud olukorras on mõiste tõesti mitmetähenduslik. http://www.eki.ee/dict/qs/index.cgi?Q=kontrollima&F=M http://www.eki.ee/dict/qs/index.cgi?Q=kontrolli&F=M
rRNA artiklis oligi mõeldud "16S", "23S" ja "5S" igaühe jaoks omaette artikkel. Ma ei tea kui olulised need paigad nii, et see on Sinu otsustada.
Vaata üle ka joonistealused tekstid.
Kui kõik see tehtud on, saada mulle teade ja arvatavasti võib töö päris vikipeediasse üles panna.
Edu!