Kasutaja arutelu:Natalja Garb/rRNA modifikatsioonid
Tänan Sind õigeaegse esitamise eest, artikli maht on piisav. Struktuur on mõistlik, aga Sa pead mõtlema veidi sellele, kuhu artikli saaks sobitada. Tavalugejat võib segada liigne võõrkeelne terminoloogia ja mõnikord ka keeruline lauseehitus. Hoolimata mainitud vigadest on artikli keeleline tase suhteliselt hea. Artikli kvaliteeti saab parandada lõikude parem sisuline eristamine nõnda, et uus huviline saaks kogu aeg aru, millest on jutt. Nõuanded allpool.
Üldisemalt: Järgnevaid kommentaare lugedes tuleb silmas pidada, et vikipeediasse kirjutamise eesmärgiks ei ole päris tavaline tekst. Vikipeedia teksti ülesanne on edastada lugejale võimalikult kergelt informatsiooni, mistõttu tasub seal järgida entsüklopeedilist stiili. See tähendab eelkõige kompaktsust nii sisus kui väljenduses. Väldi keerulisi lauseehitusi, mis kuhjavad lugeja ette mõtteid, kui sama sisu võib edastada ehk ka ühe mõttega (komade arv on hea määr, mida jälgida). Ära toeta lauseid liigselt varasemale tekstile – enamasti saab lauseid moodustada nii, et nad on mõistetavad ka väljaspool konteksti. Samuti väldi nö. Cliffhanger’eid, kus tähtsaim sisu selgub alles lause või lõigu lõpuks. Entsüklopeediline tekst ei ole jutustus lõkke ümber ega detektiiviromaan. Püüa väljendada kompaktselt ja võimalikult lihtsalt.
Kompaktsus nõuab ka väljenduslikku täpsust. Ei ole mõtet jutuga keerutada ega väljendada umbmääraselt. Ähmaste või mitmetähenduslike sõnade kasutamine tekitab üldiselt probleeme lugejale, kes võib jutust valesti aru saada või on sunnitud lisaallikatega konsulteerima. Väldi hinnanguid (meie, kahjuks, tegelikult jne) ja esitle ainult allikates esinevaid väiteid ja fakte.
Vikipeedia puhul tuleb ka tähele panna lugejate laia kogukonda. Teksti peamine eesmärk on harida lugejat, kes teemast väga palju ei tea. Kui on võimalik kasutada omajuurelisi sõnu, siis tee seda, kuna need teevad teksti uuele huvilisele läbipaistvamaks. Väga suur roll on ka artikli ja artikliosade struktuuril, mis võivad muuta seoseid palju selgemaks või ajada ka juba lausetest leitud ivad segamini. Kirjutades mõtle, kuidas Sa edastaksid antud informatsiooni võõrale inimesele ning püüa ennast panna lugeja rolli.
Lugejale ligipääsetava teksti koostamine ei ole kerge, aga muutub lihtsamaks kogemuste ja teadlikkuse kasvamisel. Järgnevad kommentaarid on koostatud eelkõige eesmärgiga pakkuda võimalust nende küsimuste üle mõtelda ja enda teksti peal näha, kuidas see toimib. Kriitikale võib vastata ka küsimuse või vastusega ja lõplik artikkel on Sinu kirjutada, aga kursuse lõpuks on oluline täiendada vikipeediat ka kvaliteetse artikliga.
Teema on veidi spetsiifiline, aga ilmselt teretulnud lisand, mis täiendab juba rRNA kohta kirjutatut https://et.wikipedia.org/wiki/RRNA (ja lingid sealt), millele ka viitad. Seetõttu ei ole vajadust rRNA-l pikalt peatuda, kuna kirjutatud jutt saab, kas lingitud rRNA alamleheks või rRNA artikli osaks.
Ma kahjuks ei tea teemast väga palju, aga kirjutatu põhjal väärib teema tõesti omaette artiklit ja seega kommentaarid lähtuvad sellest (vastasel juhul mõtle, kuidas seda saab rRNA artikliga kombineerida). rRNA artikkel on ka juba praegu hea koht terminoloogia kontrollimiseks (nt subühik = alaühik, vt ka http://www.biokeemiaselts.ee/?mid=9&lang=et ).
Kuna rRNA-st ei ole vaja palju kirjutada, võiks juba algusest kirjutada modifikatsioonidest. Hiljemalt teine lause peaks olema juba neile pühendatud. Võiks olla ka esimene ja artikli algusesse tuleb niikuinii hoiatus, et rRNA-st loe rRNA lehelt.
Niisiis, loodan, et saad lõigu uuesti kirjutada keskendudes just modifikatsioonidele ja nende tähtsusele. Praegu ei ole modifikatsioone seal mainitudki ja tavalugejana ei saa ma ka alapeatükist „modifikatsioonid“ aru, mis need modifikatsioonid on. Tavalugeja ei tea, mida tähendab ükskõik millise ensüümi modifikatsioon olla.
Alusta: „rRNA modifikatsioon (ainsuses kui võimalik) on ...“ -> põhiomadused -> vähemtähtsad omadused -> lisainfo (nt leidumine looduses, funktsioonid ja tööstuslik kasutamine).
Keele poolest:
Seetõttu on praeguseks teada olevad rRNA järjestused, salvestatud spetsialsetes andmebaasides, nagu RPD-II[1] ja SILVA[2].
verbiks on „on salvestatud“. Siin lauses on komad üleliigsed. „Nagu“ ees on koma siis kui ta eraldab tervet (verbiga) osalauset.
Edasi püüan parandada keeleliselt.
mittestandartseid - mittestandardseid
posttranskriptsiooniliselt – transkriptsioonijärgselt
Sisuliselt: „rRNA sisaldab mitmeid mittestandartseid nukleotiide, mis sünteesitakse rRNA-sse posttranskriptsiooniliselt (peale seda, kui rRNA on sünteesitud).“ - on natuke segane. rRNA sisaldab midagi mida ta kohe pärast valmimist ei sisalda. Siin võiks lisada, et millal (tavatingimustel?)
rRNA modifikatsioonid on levinud kogu eluslooduses. – Selleks hetkeks ei ole ma aru saanud, mis on rRNA modifikatsioonid. Lisaks juhtlõigule (sissejuhatusele), saad täiendada ehk ka käesolevat lõiku.
rRNAst on leitud kolme tüüpi modifikatsioone: (1) Uridiini pööramine pseudouridiiniks (Ψ); (2) riboosi 2’hüdroksüül rühma metülatsioon (Nm); ja (3) lämmastik aluse erinevatest positsioonidest metüleerimine (mN). – Siin on väike mure ühildumisega: lubad loetleda tüüpe, aga loetelus on hoopis tegevused. Modifikatsioon on hoopis lõpptulemus, kui ma õigesti aru saan?
E.coli – E. coli (väga õige, et kaldkirjas!)
kõige primitiivsema bakteri Mycoplasma, - komad mõlemale poole Mycoplasmat.
modifitseeritud nukleotiidi - ära vaheta termineid loetelu keskel.
Kui vaadata fülogeneetilist puud, siis organism, mis on evolütsiooniliselt kõrgemal, sisaldab rohkem modifikatsioone võrrelduna madalamate organimsidega.
Lihtsustaks: Üldiselt sisaldab fülogeneetilisel puul kõrgemal paikneva organismi rRNA rohkem modifikatsioone kui madalamal paiknev.
Suurem osa modifikatsioone paiknevad erinevatel organismidel samas kohas rRNA struktuuris.
E. coli - Kui Sa paned lingi, pane see kohe esimese mainimise juurde. Kui võtad jutumärgid ümbert, hakkab link ka tööle.
Näiteks E.coli&action=edit&redlink=1 ''E.coli'' rRNA-s leiduvaid modifikatsioone on leitud ka imejate rakkude rRNA-dest.
Antud juhul on lause veidi tähenduslikult viltu. Eelmisest lausest jääb mulje, et näide peaks olema selle kohta, et modifikatsioonid paiknevad samas kohas. Näide aga ei räägi asukohast.
Teiseks „on leitud ka x-st“, toob kaasa lisatähenduse, et paar korda on leitud, aga seda ei juhtu eriti tihti.
On ka teada, et - pole vaja. Kui lokaliseerimise puhul on juttu asukohast, siis seda, et see pole juhuslik võiks ehk enne mainida kui organisme võrdlema hakkad.
Seda kinnitab rRNA tertsiaarstruktuur, mille modifikatsiooni klaster on suuresti konserveerunud kohtadesse millele on omistatud funktionaalselt oluline rolli.
- Selle lause tähendus jääb veidi segaseks. Ehk õnnestub ümber sõnastada.
Ettepanekud: mitte „seda kinnitab“ – mis tähendaks, et eelmist väidet kinnitab rRNA struktuur, vaid pigem „seda määrab“ – et paiknemise mitte-juhuslikkus on eriomase struktuuri tõttu.
Lause lõpp on veidi segane, kuna rRNA struktuur tundub liiga „tark“ – kust tema teab, millised kohad on funktsionaalselt olulised?
koha või regiooni spetsiifilised – koha- või regioonispetsiifilised.
giid RNA – juht-RNA (vist) - www.ebc.ee/tymri00/sonastik.html
snoRNA ehk väikese tuumaga RNA (vist? äkki tead täpsemalt)
Eukarüootides eksisteerib giid RNA süsteem, kus väiksed snoRNA-d määravad ära modifikatsiooni tekkimise koha ja modifikatsiooni sünteesimisek vajatakse RNA- valgu kompleksi.
Pole selge, kes vajab, aga kui snoRNA määrab RNA-valgu kompleksi, siis.
Eukarüootides eksisteerib giid RNA süsteem, kus väiksed snoRNA-d määravad ära modifikatsiooni tekkimise koha ja selle sünteesimiseks vajaliku RNA-valgu kompleksi.
Aga loe üle, ma ei tea sisu!
Suurt osa snoRNA-dest, mis kontrollivad rRNA modifikatsioonide tekkimist, võib rakust deleteerida ilma suuremat kahju tekkimiseta (deletsioon ei ole labori tingimustes letaalne)[3].
Sellel lausel on ka sisu segane. Miks ei teki kahju?
deletion = väljalangemine, kustutus http://www.biokeemiaselts.ee/?mid=9&lang=et
deleting - deleteerimine [eemaldamine, väljavõtmine] http://www.ebc.ee/tymri00/sonastik.html
Avalikus tekstis eelista vähem võõrapärast varianti. Tavalugeja pole varem kuulnud sõna deleteerimine. Küll aga saab ta aru, mida tähendab eemaldamine või väljavõtmine.
letaalne – tappev või surmav
Valgud.
Iga rRNA modifikatsiooni sünteesimiseks kasutatakse spetsiifilist valku.
Kas võib asendada „spetsiifilist“ - „ainult selleks mõeldud“. Spetsiifilist on eesti keeles üsna ebaspetsiifiline termin.
Fakt, et rakud on investeerinud nende valkude sünteesimisse, viitab üheselt nende valkude poolt sünteesitud modifikatsioonide ohulisusele rakkude elutegevuseks.
Enam-vähem hea sõnastus, aga tuleb luua veidi sisulist konteksti. Investeerimise all sa pead silmas ilmselt evolutsioonilises plaanis? Ehk annab paari sõna või lisalausega lahti kirjutada.
Midagi sellist.
Rakkude jaoks on eriotstarbeliste valkude tootmine kulukas, mistõttu võib juba nende olemasolust järeldada valkude loodud modifikatsioonide olulisust raku elutegevusele.
Ψ erinevus uridiinist seisneb tema lämmastikaluse ning suhkru vahelises sidemes. – Kui selle tähendus on õige.
lisaenergiat ega muid lisategureid.
posttranskriptsiooniliselt – transkriptsioonijärgselt
Pseudouridiine sünteesitakse pärast RNA sünteesi, RNA polümeraasi poolt (posttranskriptsiooniliselt), nii prokarüootides kui ka eukarüootides.
Proovi ehk nii: RNA polümeraas sünteesib Pseudouridiine pärast RNA sünteesi (transkriptsioonijärgselt) nii prokarüootides kui ka eukarüootides.
rRNA struktuuri uuringutega – uuringutes
http://www.biokeemiaselts.ee/?mid=9&lang=et – sõnastiku järgi on „sait“ võimalik asendada peaaegu alati „kohaga“, st. koht, koha. Kas see on ka tegelikult nii teab ehk Su juhendaja kinnitada.
In vitro ehk kunstlikult/katseklaasis (ma ei tea, mis on õige).
subühikute – alaühikute. Igal pool.
Kasutamine. Väga huvitav! Ega ei ole rohkem viiteid lisada?
Ilmselt, on – pole koma vaja.
Ilmselt, on rRNA modifikatsioone vaja pigem rRNA struktuuri optimiseerimiseks („fine-tuning“) mitte aga rRNA funktsionaalsuse saavutamises.
Kui võib teeks ümber. „Ilmselt“ on veidi hinnanguline. Muidu on lause üpris hästi loodud!
Selle põhjal arvatakse, et rRNA modifikatsioone on vaja pigem rRNA struktuuri optimiseerimiseks („fine-tuning“) mitte aga rRNA funktsionaalsuse saavutamiseks. (viide)
optimiseerivad – optimeerivad.
ligandidega – see on tundmatu mõiste. Lisa link. Linke võiks juurde lisada läbivalt.
omavahel annavad hüdrofoobse kontakti. – ma pole kindel tähenduses, aga äkki on parem „koos loovad“
Teise gruppi - Teise grupi (või Teist gruppi)
konformatsiooni – asendi (http://www.biokeemiaselts.ee/?mid=9&lang=et)
Hüdroksüülgrupi metülatsioon eemaldab 1-potentsiaalse vesiniksidemega doonori ja tekib võimalus hüdrofoobse kontakti loomiseks. (Vist. Kui tähendus on õige.)
Suur osa rRNA modifikatsioone on nagu kaitse mehhanism antibiootikumide vastu bakterites.
kaitsemehhanism
produtseerida – säilitada? (teine tähendus)
naturaalse – loomuliku ; loomulike antibiootikumide
ribosoome
Selline mehhanism on leitud erinevatest aminoglükosiidi tootjatest. – Kas Selline mehhanism on leitud erinevates aminoglükosiidi tootjates. (enamvähem kõigis) Või Sellist mehhanismi on leitud erinevatest aminoglükosiidi tootjatest. (aga mitte kõigis)
Antibiootikumi resistentsustekke (ma ei tea küll, mis see tähendab) eest vastutavate metüültransferaase kodeerivad geenid levivad kergesti ka kliinilistele patogeenidele. See (ma ei saa aru mis!) teeb bakteriaalsed haigused veel ohtlikumaks.
Aga mõne aja jooksul on antibiootikumid, mis on inaktiivsed bakteri liikidele globaalse leviku kohta. Antibiootikumi biosünteesi ko-evolutsioon ja vastav resistentsuse mehhanism, võib-olla annab resultaadi rRNA metüültransferaase geeni globaalses levikus, mis kaitseb bakterid antibaktereiaalsete agentide eest. – Kahjuks ei saa täpselt aru, mis Sa siin mõtled. Kui võimalik, siis proovi ehk uuesti sõnastada.
„On vaja mainida, et“ - pole vaja
Äkki on võimalik see lõik teha mitmeks osaks. Selle sisu jääb minusugusele tavalugejale veidi arusaamatuks.
Sõltuvalt struktuurist võivad erinevad modifikatsioonid olla vajalikud rRNA struktuuri stabilatsiooniks, ribosoomi ja ligandi seondumise optimeerimiseks, rRNA kaitsmiseks rakule tundmatu antibakterialse Rnaasi eest või translatsiooni faktori seondumiseks ja translatsiooni regulatsiooniks. (viide?)
Eestis on tehtud palju uurimusi modifikatsiooni ensüümide kohta. Modifikatsioone ei sünteesita rRNA-sse korraga vaid sünteesitakse erinevates ribosomide sünteesi etappides. Modifikatsioonid on jagatud 3 rühmaks: varased, keskmised ja hilised. RlmH modifikatsiooni ensüümiga on uuritud Eestis ja on teada, et see on spetsiifiline 70S ribosoomide suhtes. Tavaliselt on modifitseeritud ensüümi substraadiks kas suur või väike subühik[7].
Eestis on keskendutud modifikatsiooni ensüümidele.
Modifikatsioone ei sünteesita rRNA-sse korraga vaid sünteesitakse erinevates ribosomide sünteesi etappides. Modifikatsioonid on jagatud 3 rühmaks: varased, keskmised ja hilised. – Ma ei ole kindel, kas see on nüüd eraldi eestiga seotud.
Tavaliselt on modifitseeritud ensüümi substraadiks kas suur või väike subühik – ja ka see.
Siin võiks ehk välja tuua uuringute laiemaid eesmärke ja kasu kõikidele inimestele (kui on)?
Soovin edu parandamisel ja vaatan teksti uuesti kui parandused sisse viidud. Anna teada!
PeeterT (arutelu) 14. oktoober 2013, kell 15:29 (EEST)
Palju parem! Parandan veidi veel:
rRNA modifikatsioonid: rRNA modifikatsioonid – on standartsete nukleotiidide muudatused, mis on tehtud rRNA ahelasse posttranskriptsiooniliselt (peale seda, kui rRNA on sünteesitud). rRNA sisaldab palju erinevaid modifikatsioone, mis levinud kogu elulooduses. Paljud modifikatsioonid mängivad meditsiinis tähtsat rolli, kuna on andmeid, et need võivad põjustada patogeensete bakteritüvede resistentsust antibiootikumidele. Modifikatsioonide konserveerumine struktuurselt olulistesse kohtadesse viitab omakorda sellele, et modifikatsioonid võivad optimeerida rRNA struktuuri, et saavutada kiire ja effektiivne valgusüntees.
Täislaused on sobivamad.
rRNA modifikatsioonid on muudatused nukleotiidides, mis on sünteesijärgselt ehk posttranskriptsiooniliselt rRNA ahelas läbi viidud. rRNA sisaldab looduslikult palju erinevaid modifikatsioone. Selliste modifikatsioonide uurimine on sattunud tähelepanu alla meditsiinis, kuna on andmeid, et nad võivad osaliselt vastutada mitmete patogeensete bakteritüvede antibiootikumideresistentsuse eest. Modifikatsioonide koondumine struktuurselt olulistesse kohtadesse viitab omakorda sellele, et modifikatsioonid võivad optimeerida rRNA struktuuri, et saavutada kiire ja efektiivne valgusüntees.
koha- või regioonispetsiifilised
ainult selleks mõeldud - "eriotstarbelist" on vist isegi parem. Igaks juhuks võiks juhendajalt üle küsida, kuna ma ei tea täpselt mõiste sisu.
giid RNA ok, kui pole juht, siis pane "giid-RNA ehk gRNA" või "giid-RNA (gRNA)"
Lisa väga palju ristviiteid/linke eestikeelse vikipeedia lehtedele (ükskõik, kas nad on olemas või ei ole). Iga uus mõiste peaks põhimõtteliselt olema link. Isegi homo sapiens võiks linkida. E.coli link on ikka katki.
Ka viited on veidi katki. Tuleb veel tähele panna, et internetiallikatele oleks lisatud autor, ilmumisajakiri, aasta jne niipalju kui see võimalik on. Kui tegemist on teadusajakirja artiklitega, siis tuleb kirja panna andmed nagu tavaliselt teadustekstides.
Edu! Anna teada, kui valmis!
PeeterT (arutelu) 20. oktoober 2013, kell 15:54 (EEST)
posttranskriptsiooniliselt - lisa viide
antibiootikumide resistentsuse - kirjuta lahku nii
Kohati on vanad kommentaarid kohaldamata jäänud. Vaata üle, et ikka kõiki märkasid. Või ei ole nõus?
Fakt, et rakud on investeerinud nende valkude sünteesimisse, viitab üheselt nende valkude poolt sünteesitud modifikatsioonide ohulisusele rakkude elutegevuseks.
Enam-vähem hea sõnastus, aga tuleb luua veidi sisulist konteksti. Investeerimise all sa pead silmas ilmselt evolutsioonilises plaanis? Ehk annab paari sõna või lisalausega lahti kirjutada.
Midagi sellist. Rakkude jaoks on eriotstarbeliste valkude tootmine kulukas, mistõttu võib juba nende olemasolust järeldada valkude loodud modifikatsioonide olulisust raku elutegevusele. - Mis Sa sellest arvad? Tähendus õige?
Eestis on tehtud palju uurimusi modifikatsiooni ensüümide kohta. Modifikatsioone ei sünteesita rRNA-sse korraga vaid sünteesitakse erinevates ribosomide sünteesi etappides. Modifikatsioonid on jagatud 3 rühmaks: varased, keskmised ja hilised. RlmH modifikatsiooni ensüümiga on uuritud Eestis ja on teada, et see on spetsiifiline 70S ribosoomide suhtes. Tavaliselt on modifitseeritud ensüümi substraadiks kas suur või väike subühik[7].
Eestis on keskendutud modifikatsiooni ensüümidele. - Ei ole õige?
Tekstist jääb mulje, et kogu "Kasutamine" sektsioon on tehtud viienda viite põhjal. On see nii? Kui nii, siis lisa sama viide iga lõigu lõppu.
Geenid, mis kodeerivad rRNA metüültransferaase, mis vastutavad antibiootikumi takistuse tekkimise eest, levivad kergesti ka kliinilistele patogeenidele nagu kliinilised patogeenid, mis teevad bakteriaalsed haigused veel ohtlikumaks. - Siin on kliinilised patogeenid kaks korda.
optimiseerimiseks - siia ka optimeerimiseks (ei märganud)
Tekst on peaaegu vastuvõetav ja ilusasti loetav. Lisa veel nii palju viiteid kui oskad.
Kui kõik valmis, saada teade. Pole palju enam ees!