Kasutaja arutelu:MKõbin/CRISPR-Cas9 süsteem
Artikkel on erialainimese kasulik lugemine ja hariv ka asjaarmastajale. Tore, et juures on illustratsioon, kuid selle peaks muutma eestikeelseks: fail tuleks enda arvutisse salvestada, olemasolev tekst maha, uus asemele ning tulemus Commonsisse üles laadida.
Sissejuhatuse ja „Ajaloo“ peatüki parandused
- Ka lühendeid peab käänama: CRISPR (nimetav) : CRISPR-i / CRISPRi (omastav) : CRISPR-it / CRISPRit.
- Protospacer võiks olla pigem eesti keeles, pakutud on nt "protospeisser", aga äkki on ka paremaid vasteid. Kui jääte ingliskeelse variandi juurde, siis see on tsitaatsõna: kursiivis ja ülakomaga käändelõppudest eraldatud.
- Vaadake kriitilise pilguga üle siselingid, mis pole aktiivsed. Tegu- ja omadussõnad ei sobi siselinkideks, samuti pole tõenäoline, et Vikipeediasse luuakse artikkel „Omandatud immuunsüsteem“.
- Esimesel mainimisel mõiste paksu kirja.
- CRISPR-ks nimetatakse lookust või piirkonda paljude prokarüootide DNA-s, mis sisaldab lühikesi nukleotiidseid kordusi, mille vahel on erinevate viiruste lühikesed nukleotiidsete segmentide järjestused ehk protospacer-id . > CRISPR (clustered regularly interspaced shortpalindromic repeats – hääldadakse 'crisper') on lookus või piirkond paljude prokarüootide DNA-s, mis sisaldab lühikesi nukleotiidseid kordusi. Nende vahel on eri viiruste lühikesed nulkeotiidsete segmentide järjestused ehk protospacer'id (või eestikeelne vaste).
- CRISPR (clustered regularly interspaced shortpalindromic repeats - hääldadakse crisper) ja teised CRISPR-ga seotud geenid kujutavad endast bakterite omandatud immuunsüsteemi, mis pakub kaitset sissetunginud võõra geneetilise materjali eest. > CRISPR ja sellega seotud geenid moodustavad bakterite immuunsüsteemi, mis kaitseb sissetundinud võõra geneetilise materjali eest. ? Või ma ei saanud aru?
- Lisaks koosneb see immuunsüsteeem veel > See immuunsüsteem koosneb veel
- , mis, seostunud teatud CRISPR protospacer-ga, katalüüsivad võõra DNA ahela katkemist. > CRISPR-i protospacer'iga seostunult katalüüsivad need võõra DNA-ahela katkemist.
- oli esimene CRISPR süsteemi nukleaas, mis avastati > avastati CRISPR-i süsteemi nukleaasidest esimesena
- CRISPR-Cas süsteem > CRISPR-Cas-i süsteem
- on see tehnika potentsiaalselt väga hea biotehnoloogiline vahend genoomi töötlemiseks > on see väga hea biotehnoloogiline vahend genoomi töötlemiseks
- viimasel ajal on spekuleeritud, et antud > Võimalik, et selle
- juba rakendanud antud süsteemi > seda süsteemi juba rakendanud
- jaapani uurimisrühm > suure tähega
- kloneeris > kloonis
- mis oli kaasa tulnud koos uuritava geeniga > kas segment või genoom tuli kaasa
- kohas - > kohas:
- Aastal 2005 > 2005. aastal
- osad spacer-id, mis asuvad CRISPR lookuses, on > osa CRISPR-i lookuses asuvaid spacer'eid on
- Need tulemused andsid mõista, et CRISPR roll bakteris on > Nende tulemuste järgi on CRISPR-i roll bakteris
- Esimesed eksperimentaalsed tõendid selle kohta ilmusid > Esimesed katsed selle kohta tehti
- Staphylococcus thermophilus > kursiivi
- spacerid > spacer'id
- teda nakatatud > teda nakatanud
Viige esimesed kolm parandust ka järgmistes peatükkides sisse, siis loen edasi. Jõudu tööle! Annn (arutelu) 26. oktoober 2016, kell 12:03 (EEST)
"Mehhanismi" ja "Biotehnoloogilise paranduse" peatüki parandused. Kui neid on arvestatud, loen teksti veel kord üle ja tõenäoliselt tuleb veel midagi viimistleda.
Illustratsiooni peaks muutma eestikeelseks: fail tuleks enda arvutisse salvestada, olemasolev tekst maha, uus asemele ning tulemus Commonsisse üles laadida.
- mingi segment (protospacer) viiruse DNAst salvestada CRISPR lookusesse, mis on homoloogiline viiruse DNAle antud piirkonnas > tehke mitu lauset. Mis on homoloogiline?
- täidavad sellist rolli > mis rolli?
- Katsed, kus on mutatsioonid tehtud nendes valkudes, on näidanud > Valgumutatsiooni katsed näitavad
- toimu enam uute protospacer`te lülitamine > lülitu enam uued protospacer'id
- CRISPR lookusesse > CRISPRi lookusesse
- Olgu mainitud, et praeguseks on juba avastatud mitut > Avastatud on mitu
- CRISPR süsteemi > CRISPRi süsteemi
- ) mis > ), mis
- Aga kuna tüüp > Kuna tüüp
- kõige enim > enim / kõige enam
- nii öelda > nii-öelda
- näidis CRISPR süsteem > näidis-CRISPRi süsteem
- Nagu mainitud, võõras > Võõras
- protospacer`tena > protospacer'itena
- Erinevad spacer`id > Eri spacer'id
- CRISPR RNAks > CRISPRi RNAks
- guide RNA > guide'i RNA / guide-RNA
- crRNAle > kui käändelõpu alguses on l, siis pannakse sidekriips, et seda I-ga segi ei ajaks: crRNA-le
- trans-aktiveeriv > üks sõna
- tracrRNA, mille geen bakteri genoomis asub, nagu Cas9 geengi, CRISPRi lookuse lähedal > Selle geen on bakteri genoomis nagu Cas9 geengi CRISPRi lookuse lähedal
- See on vajalik selleks, et > Sellist asukohta on vaja, et
- antud viiruse DNAle > viiruse DNA-le
- crRNA ja > koma vahele, kõrvallause lõpp
- Nüüd, kui > Kui
- CRISPR lookusest > CRISPRi lookusest
- transkript pre-crRNA > transkripti pre-crRNA
- , mis sisaldab endas veel paljusid erinevaid protospacer`eid > See sisaldab veel paljusid protospacer'eid
- pre- > ilma sidekriipsuta
- CRISPRs > CRISPRis
- homoloogne > mujal on „homoloogiline“
- double-stranded > kursiivi
- crRNAd, millega on tracrRNA seostunu tracrRNAga seostunud crRNAd
- märklaud DNAga > märklaud-DNAga
- PAM > PAMi (omastav)
- protospacer`ga > protospacer'iga
- mis on ainult mõni nukleotiid (3-5 aluspaar > See on ainult mõni nukletiid (3–5 aluspaari
- süsteemist, sest just > süsteemist – just
- spacer`ga > spacer'iga
- PAM ala "annab mõista" bakterile, et tegemist võõra > PAMi ala annab bakterile mõista et tegemist on võõra
- Tundnud ära selle ala, hübridiseerub > Pärast selle ala äratundmist hübridiseerub
- DNAle > DNA-le
- PAM ala > PAMi ala
- sisuliselt vajalikud ainult kolm komponent - > vaja ainult kolme komponenti:
- selle juures on, et see süsteem võimaldab, erinevalt eelmistest genoomi töötlemis tehnoloogiatest, palju täpsemalt, kiiremalt ja odavamalt bioloogilisi süsteeme töödelda > on, et erinevalt eelmistest genoomi töötlemise tehnoloogiatest võimaldab see süsteem bioloogilisi süsteeme töödelda palju täpsemalt, kiiremalt ja odavamalt
- Umbes 2011.- 2012. aastatel > Kuidas umbes? Need aastad on ju väga täpsed. 2011.–2012. aastal
- märklaud DNA > märklaud-DNA
- töötleda - näiteks valida huvipakkuv ala > töödelda. Näiteks valida huvipakkuva ala
- guide RNA > guide'i RNA / guide-RNA
- Saccharomyces cerevisiae > ladinakeelsed nimetused siin ja mujal kursiivi
- , hiirtel, taimedel > Lisaks hiirtel, taimedel
- embrüodel > embrüotel
- gRNAle > gRNA-le
- läheb reaalsuses vaja > läheb vaja
- parandus matriits ahelat > parandusmatriitsahelat
- See tekib siis, kui katkenud ahelate vahele on huvipakkuv geen integreeritud ja antud ahelat on vaja selleks, et DNA ahela parandamisel ei toimuks mingit juhusliku mutatsiooni, mis muudaks nukelotiidide järjestust > Parandusmatriitsahel tekib, kui huvipakkuv geen on integreeritud katkenud ahelate vahele. Parandusmatriitsahelat on vaja, et DNA-ahelat parandades ei toimuks mingit juhuslikku mutatsiooni, mis muudaks nukleotiidide järjestust
- 62 erineva geeni > 62 geeni
- teha oleks vaja just nii palju erinevaid > teha, oleks vaja just nii palju
- DNAl > DNA-l
- siis - kuigi kogu kompleks seostub määratud kohale DNAl - ei lõigata > siis – kuigi kogu kompleks seostub määratud kohale DNA-l – ei lõigata
- antud kohaga > selle kohaga
- nö lülitatud välja erinevaid huvipakkuvaid geene > huvipakkuvaid geene n-ö välja lülitatud
- erinevate geenide > eri geenide
- ahelreaktsioon, mis kandis teatud pigmentatsiooni tunnuse > ahelreaktsioon. See kandis teatud pigmentatsioonitunnuse
- Teine uurimisrühm oli, samuti CRISPRit kasutades, malaariat levitanud sääskedes tekitanud geeni lülituse, mis aitas levitada geene, mis takistasid neil sääskedel enesega kaasas kanda malaaria viirust. > Teine uurimisrühm kasutas samuti CRISPRit ja tekitas malaariat kandnud sääsketes geenilülituse, mis aitas takistada malaariaviirust kandvate geenide levitamist.
- geeni lülituse > kokku
- emased sääsed viljatuks > emased malaariat kandvad sääsed viljatuks ?
- viljatuks, mille > viljatuks. Selle
- Viidete ees on liiga palju vaba ruumi.
Juba parem!
Annn (arutelu) 29. oktoober 2016, kell 12:07 (EEST)
Veel kommentaare
- clustered regularly interspaced short palindromic repeats > kursiivi
- - hääldadakse crisper > – hääldadakse 'crisper'
- protospacer`id . > protospacer'id.
- näiteks Cas9 (CRISPR associated proteins) > siin ja allpool ei tohiks enam paksu kirja kasutada: näiteks Cas9 (CRISPR associated proteins)
- protospacer`ga > protospacer'iga
- 40% prokarüootidest ja umbes 90% arhedest > 40%-l prokarüootidest ja umbes 90%-l arhedest
- CRISPR-Cas-i süsteem > CRISPR-Casi süsteem (kui mujal pole sidekriipsuga). Ei tohiks enam paksus kirjas olla
- Linkige kohanimed: Hiina, Jaapan jne.
- kahes eri kohas > kahes kohas
- spacer`id on pärit > spacer'eid on pärit
- CRISPR lookusesse > CRISPRi lookusesse
- sarnane viiruse DNAle antud piirkonnas > sarnane viiruse selle piirkonna DNAga
- viiruse DNAd integreerida bakteri genoomi > bakteri genoomi viiruse DNAd integreerida
- CRISPR lookusesse > CRISPRi lookusesse
- CRISPRi süsteemi > CRISPRi süsteemid
- RNAks ehk crRNA > RNAks ehk crRNAks
- on vaja selleks, et > on vaja, et
- DNA-le homoloogiline > DNAga homoloogiline
- paljusid erinevaid > paljusid eri
- eesliide pre > eesliide pre
- protospacer`ga > protospacer'iga
- nukleotiid (3-5 aluspaar) > nukleotiid pikk (3–5 aluspaar)
- spacer`ga > spacer'iga
- PAM ala "annab mõista" bakterile > PAMi ala annab bakterile mõista
- tegemist võõra > tegemist on võõra
- DNAle > DNA-le
- katkemist, mis toimub samuti PAM ala > katkemist. See toimub samuti PAMi ala
- kolm komponent - > kolme komponenti:
- aspekt selle juures on, et > aspekt on, et
- 2011.- 2012. aastatel > 2011.–2012. aastal
- RNAks – guide-RNA ehk gRNA > RNAks – guide-RNAks ehk gRNAks
- , nematood (C. elegans), hiirtel > ja nematood (C. elegans). Ka hiirtel
- gRNAle > gRNA-le
- tekivad siis, kui katkenud ahelate vahele on huvipakkuv geen integreeritud > tekivad, kui katkenud ahelate vahele on integreeritud huvipakkuv geen
- , need poolikud ahelad parandatakse > parandatakse need poolikud ahelad
- võivad nendes > võib nendes
- nö > n-ö
- olid teinud > tegid
- EJ. 2010. >EJ (2010).
- 181-90 > 181–190
- (June 2014) > Juuni 2014
- [History. https://www.addgene.org/crispr/reference/history/ CRISPR/Cas9 History] > üleliigsed nurksulud
- Illustratsioonidel: „rakumembraan“ kokku, „märklaud-DNAga“, „sihtmärk-järjestus“, „märklaud-DNA“ sidekriipsuga
Päris hästi! Annn (arutelu) 5. november 2016, kell 11:12 (EET)